專業養殖魚蝦飼料原料的科學選擇選用原料要堅持質優價廉、貨源穩定、運輸方便的原則。在條件允許的情況下原料的種類越多越好，這樣才能保證德州養殖魚蝦飼料中的必需氨基酸盡量達到平衡，最大限度滿足魚類對各種必需氨基酸的需求。絕對不能使用發霉變質的原料，霉變的原料含有大量的病菌和毒素，投喂這些飼料后極易引起魚類患病。棉粕和菜粕等原料雖然價格便宜，蛋白質含量也較高，但是由于它們分別含有棉酚和葡萄糖硫苷等抗營養因子，過多使用會影響魚類生長。因此要限制用量，一般不超過10%。許多養殖戶喜歡使用廉價的油渣和肉粉，但是這類原料中混有大量的動物皮毛，影響粉碎與制粒工藝的順利進行，魚類食用后也不易被消化。油渣和肉粉中所含的脂肪都是飽和脂肪，有的由于儲存時間過久已經開始酸敗。魚類對飽和脂肪的利用率低，過多攝人酸敗脂肪還會導致魚類患脂肪肝等疾病，這類原料的用量應該控制在5%以下。

用可利用營養素為指標(如可消化氨基酸、有效磷等)設計專業養殖魚蝦飼料配方的基礎是要有各種飼料原料的可利用營養素含量數據。設計者應盡可能合理利用這些數據。不過，飼料企業在實際配制專業養殖魚蝦飼料時所用的飼料原料的可利用營養素含量與文獻報道的數據還是有一定出入。設計人員應該在對所用飼料原料化學分析的基礎上進行配方設計。采用配制劑提高飼料營養成分的消化率，酶制劑在水產飼料中的應用已有許多成功的例子。纖維素酶、木聚糖酶、淀粉酶、蛋白酶、植酸酶、果膠酶等是飼料中添加較多的酶。添加酶制劑既可以提高飼料的可消化能量，又可以提高動物對酶作用物質的消化率。通常對于幼魚，由于其消化系統尚未發育成熟，某些消化酶的分泌不足。此時添加復合酶制劑可以提高飼料的消化率和魚生產性能。而當飼料配方中含有魚蝦不適宜消化的原料組分時，添加專用酶制劑也會有明顯的效果。谷物及其副產品中植酸磷的含量較高，但動物對桓酸磷的利用率很低。在水產飼料中添加桓酸酶也可提高桓酸磷的利用率，同時可改進飼料的轉化效率。

專業養殖魚蝦飼料混合投喂方式有五種。第一種是春、冬季(年頭、年尾)投喂沉水料、夏秋季投喂膨化料。此種投喂方式在浙江嘉興、湖州非常流行。夏秋水溫高，魚只生長旺盛，投喂膨化料效果明顯;而春冬水溫低，魚一般在池底采食，沉水料恰好滿足魚的采食習慣，因此使用該投喂方式飼養的魚到年底上市時體型好，重量足，耐運輸。第二種方式是上午投喂硬顆粒飼料，下午投喂膨化飼料。第三種方式是先喂硬顆粒飼料，再喂膨化飼料，此種養殖方式的好處是養殖戶可以看到魚吃食，從而合理控制魚的采食量，減少飼料浪費。第四種方式是先喂膨化飼料，后喂硬顆粒飼料，使用這種方式的原因是養殖戶認為膨化料更香，適口性更好，魚在吃了硬顆粒料六成飽后還會大量采食膨化料，這將會導致魚吃得過飽而影響消化，引發腸道疾病。第五種投喂方式是主要集中在中山市黃圃鎮的草魚魚種養殖，由于養殖戶考慮到高溫季節，魚類搶食兇猛，就采取硬顆粒料與膨化料混合好后再投喂的方式。在秋、冬季節水溫低，魚類采食慢，而小魚階段硬顆粒料耐水時間短(一般少于3分鐘)、易溶化，此時養殖戶們投喂德州養殖魚蝦飼料的比例高于硬顆粒料;這樣可以減少飼料浪費，增加經濟效益。

魚類消化腺不發達，各種消化酶因體溫低而不能充分發揮其較佳活性；腸道中起消化作用的細菌種類少，數量也不多；食物在魚類消化道的停留時間(食物通過時間或排空時間)明顯短于畜禽，豬為72~96小時，禽為48小時，大馬哈魚為15~26小時，胡子鯰為24小時。通常畜禽飼料的原料細度要求全部通過8目，16目篩上物不大于20%，而普通德州養殖魚蝦飼料原料要求全部通過40日，60目篩上物不得超過20%，而普通水產料(如對蝦、鰻魚飼料原料)要求全部通過60目，其幼體所需的原料粉碎粒度則更小，要求全部通過80目。目前，雖然觀賞魚飼料的粉碎細度還沒有明確要求，但較細的粉碎粒度有利于規件觀賞魚對營養物質的消化吸收率，也有利于提高飼料的混合均勻性觀賞和顆粒成型率，并直接影響德州養殖魚蝦飼料顆粒在水中的穩定性。